O Programa Empreender nasceu em 1991 e foi idealizado por um programa desenvolvido pelas Associações Comerciais e Industriais de Santa Catarina, Blumenau, Brusque e Joinville, com o apoio do Governo Alemão, através da HWK – Câmara de Artes e Ofícios de Munique e Alta Baviera.
As primeiras Associações Comerciais e Industriais participantes c riaram uma entidade denominada Fundação Empreender com o objetivo de desenvolver a metodologia do Programa Empreender e disseminá-la no Brasil e na América Latina. O resultado obtido através desta experiência, levou a FACISC – Federação das Associações Comerciais e Industriais e o SEBRAE de Santa Catarina, com o apoio financeiro do SEBRAE - Nacional, a implantar o Programa, a partir de 1997, em outros municípios do Estado.
A partir de 1999, o SEBRAE Nacional e a CACB – Confederação das Associações Comerciais do Brasil, iniciaram a implantação piloto do Programa Empreender em mais de 7 estados brasileiros: Alagoas, Bahia, Maranhão, Minas Gerais, Pernambuco, Paraná e Sergipe. Ao final de 2001, o Programa Empreender já estava implantado em 210 municípios, de 8 estados, beneficiando diretamente 12.183 micro e pequenas empresas, distribuídas em 901 Grupos Setoriais. A partir de 2002, iniciou-se a expansão do Empreender para todas as 27 Unidades da Federação, com meta de atingir mais 650 municípios e beneficiar outras 32.500 MPE – micro e pequenas empresas, em 3.250 novos Grupos Setoriais.
A partir de outubro de 2002 o programa foi implantado no Estado de São Paulo pela FACESP - Federação das Associações Comerciais do Estado de São Paulo e pelo SEBRAE-SP e hoje encontra-se em mais de 110 cidades.